清朝（1644年~1911年），顺治十六年（1619年），吴三桂平定云南，将普洱、思茅、普藤、茶山、猛养、猛暖、猛棒、猛葛、整歇、猛万、上猛乌、下猛乌、整董编为十三个版纳，统归元江府管辖。据《思茅县志》载：“顺治十八年（1621年），思茅年加工茶叶10万担，经普洱过丽江销往西藏茶叶三万驮之多”。康熙三年（1664年），设元江府普洱分府，移元江通判驻普洱，为普洱通判，管辖十三版纳。雍正七年（1729年）设立普洱府，为流官制，辖六大茶山、橄榔坝及江内（澜沧江以东、北片）六版纳（即猛养、思茅、普滕、整董、猛乌、乌得），对江外各版纳（即猛暖、猛棒、猛葛、整歇、猛万）设车里宣慰司，为土司管制，根据流官管土官原则，普洱府对车里宣慰司实行羁縻管理。同年在思茅设茶叶总店，将思茅城私商（指茶商）一律赶走，不得经营茶叶生意。由云南总督鄂尔泰选取最好的茶菁，制成紧茶、茶膏，进贡皇帝做为贡茶。雍正十三年（1735年）设宁洱县为附廓县。乾隆三十五年（1770年），普洱府辖一县三厅及车里宣慰司。同年，清庭对普洱府茶业情况作调查，对私商经营茶叶有改动，道光《普洱府志 ·食货》对此况追述为：“普洱茶名重天下，每年纳茶六、七千驮（每驮120斤计，合72~84万斤），入山作茶（指茶商及工匠）者数十万人，茶客收买运于各处”；为了“杜绝衅端（闹事），不许客人上山作茶”；又从收缴茶税入手，准许私商办“茶引”购茶，规定：“普洱府年发茶引三千，每引收税银三钱二分（加其他税费，合每引征税一两，年征收茶税合三千余两），行销办课，定额造册题销”。其后在府地设“茶局”专办茶引发放、税银征收和贡茶的例银发放、贡茶押运的监督机关。                 
    乾隆九年（1744年），普洱茶由于品质优良，茶味醇于他茶。早在唐代已获西藏人民喜爱，在明代中期大量进入北京受到京城各层人民喜爱。清代，阮福专着《普洱茶记》称为：“普洱茶名遍天下，味最酽，京师尤重”。清代《新纂云南通志》称：“普洱之名在华茶中占特殊位置，远非安徽、闽、浙（茶）可比”。清代学者赵学敏着《本草拾遗》中提出普洱茶的药性及功能为：“普洱茶清香独绝也，醒酒第一，消食化痰，清胃生津功力尤大，又具性温味甘，解油腻、牛羊（肉）毒，下气通泄”。《普洱府志》记为：“普洱茶名重京师”。在大众茶已普遍受欢迎基础上，清庭将普洱茶首次列为“贡品，分芽茶、团茶两种”。同期志学家张泓着《滇南新语》中记有：“普茶珍品，有毛尖、芽茶和女儿之号。女儿茶亦芽茶之类，取于谷雨后，皆夷女采治货银以积妆资故名”。女儿茶在此时随贡入京。至乾隆五十二年（1787年），清庭复将普洱贡茶改为：“团茶（内分5、3、1、0.4、0.14斤五种）、锡瓶装蕊茶和芽茶、缎绵木匣装茶膏”，称为八色贡茶。阮福着《贡茶案例》中记述采办情况为：“每年进贡之茶，列于布政司库银息项下，动支一千两，由思茅厅领转采办，并购茶瓶、缎匣、木箱等，其茶在思茅本地收取”。同文记普洱贡茶采摘情况为：“于二月（农历）采蕊极细而白者，谓之毛尖作贡，贡后方许民间贩（买运）茶。”《普洱府志》记为：“农历二月开始采茶，芽头细嫩且多白毫（毛）者为毛尖，农历三～四月采摘为小满茶，六～七月采摘为谷花茶”。
   普洱贡茶的采摘、加工、包装，产品多种多样，加工极为认真精良，达到当时最高境界，故此深得皇宫喜爱，广泛在士大夫阶层流传品尝。据清代文豪曹雪芹着《红楼梦》第61回写道：”…林之孝家的又向袭人等笑着说：该闷些普洱茶喝。袭人、晴雯二人忙说：闷了一大缸子女儿茶，已经喝过两碗了。” 一可见普洱茶在雍正、乾隆等年间的鼎盛名气，二可见曹雪芹那除却普洱（茶）不是茶的独钟之心。我们今天唯能从巨着的精美描述中，去领会普洱贡茶当时的风采和声望。从此，普洱大众茶为获利占有广大茶市的基础上，又增一条贡茶获取最高名声的道路，前者取利，后才为名，双管齐下，普洱茶名利双收。普洱茶沿贡至清宣统年间（1744年~1912年），据老舍问皇帝喝茶情况，傅仪答：“每年龙井、普洱贡茶，我是照例要喝的”。证实普洱贡茶沿贡至少168年。普洱贡茶别于普洱大众茶，在供销路线、包装、种类和各类的品牌方面，均有突破发展，大大推进普洱茶的发展。